La vegetazione spontanea dell’entroterra è costituita da una savana leggermente alberata e la terra è in gran parte a coltura. Nel Sud del Paese, dove si trova la foresta tropicale, la vegetazione è più lussureggiante ed intricata.
Le mangrovie sono la principale forma di vegetazione delle coste. E proprio per la loro presenza la zona costiera rappresenta una delle più importanti riserve naturali di tutta l’Africa.

Le isole invece sono pianeggianti e presentano rade boscaglie e foreste di mangrovie.

La Guinea Bissau possiede un gran numero di riserve naturali protette tra cui il Parque Nacional des Ilhos de Orango, il Parque National Marinho  Joao Vieira e Poilao, la  Riserva de Biosfera do Arquipelagos dos Bijagos, l’ Ilhas de Urok e sulla terraferma altri tre parchi naturali tra cui il Parque Natural dos Tarrefes do Rio Cacheu, il Matas de Cantanhez, e il Parque Natural dos Lagoas de Cufada.

Purtroppo le strutture turistiche nelle riserve sono ancora limitate, se non addirittura inesistenti e questo è davvero un peccato se si considerano gli splendori naturalistici presenti.

Uno dei gravi problemi ambientali della Guinea Bissau  riguarda proprio le foreste di mangrovie nella zona costiera, che sono minacciate dall’espansione delle risaie nelle aree soggette agli allagamenti stagionali.
Anche l’incremento della produzione di arachidi ha prodotto conseguenze negative, tra cui l’esaurimento delle risorse nutritive del terreno e l’erosione del suolo. Questo a causa delle tecniche di coltivazione che si usano.

Al largo della costa, la Guinea Bissau vanta acque pescosissime, tanto che dal Giappone all’Italia vengono a pescare e la Comunità Europea ha stipulato un accordo sul territorio di pesca in modo che questa risorsa non venga sfruttata eccessivamente. L’augurio è che queste misure di controllo siano sufficienti e la Guinea non si trovi defraudata del suo immenso patrimonio ittico.

Tra i problemi ambientali nelle aree urbanizzate come la capitale non va dimenticato l’inquinamento atmosferico prodotto dai numerosissimi e spesso assolutamente retrogradi mezzi di trasporto presenti in Guinea.